Една от първите задачи след изборите на новия Парламент е да избере нов председател на Европейската комисия (изпълнителният орган на ЕС).
Държавите членки номинират кандидат за поста, като при това се съобразяват с резултатите от европейските избори. След това Парламентът трябва да одобри новия председател на Европейската комисия с абсолютно мнозинство (половината от всички членове на ЕП плюс един).
Ако кандидатът не получи необходимото мнозинство, държавите членки трябва да предложат друг кандидат в рамките на един месец (Европейския съвет с квалифицирано мнозинство). За изборите през 2014 г. Парламентът въведе системата на водещи кандидати. Тогава всяка европейска политическа партия предложи кандидат за председател на Комисията и партията, спечелила най-много места в Парламента, предложи кандидата на Парламента за председател на Комисията.
Членове на Комисията
Кандидатите за останалите портфейли в Комисията също преминават сложен процес на парламентарна проверка.
Съветът, в съгласие с избрания председател на Комисията, приема списък от кандидати за членове на Комисията — по един за всяка държава членка. Номинираните за членове на Европейската комисия лица се явяват пред парламентарните комисии в съответните им области на компетентност. Всяка комисия след това се събира за изготвяне на оценка на експертния опит и представянето на кандидата, която се изпраща до председателя на Парламента. В миналото отрицателна оценка е карала кандидатите да се оттеглят от процедурата. След това Комисията като цяло, включително председателя на Комисията и върховния представител по въпросите на външните работи и политиката на сигурност, трябва да бъде одобрена с единно гласуване от Парламента.
След като председателят и членовете на Комисията бъдат одобрени от Парламента, те се назначават официално от Съвета, който действа с квалифицирано мнозинство.
В случай на съществена промяна в портфейла по време на мандата на Комисията, попълване на освободено място или назначаване на нов член на Комисията вследствие на присъединяването на нова държава членка, въпросните членове на Комисията отново се изслушват от съответните комисии.